Quiconque pense Québec pense fleur de lys. La fleur de lys fait corps avec le Québec et en est la représentation stylisée.

La fleur de lys du Conseil de la souveraineté n'est pas la copie conforme de la fleur de lys officielle. On ne touche pas à un symbole de ce genre. La forme de la fleur de lys du Conseil de la souveraineté est davantage arrondie.

Elle éclate de couleurs, ce qui lui procure une jeunesse certaine. Chacune des couleurs n'a pas de signification particulière. C'est leur accumulation, leur juxtaposition, qui donne à cette fleur de lys tout son sens.

Ces couleurs représentent la diversité de la société québécoise : jeunes, personnes plus âgées, Québécoises et Québécois d'immigration ancienne ou plus récente, pluralisme idéologique, occupations diverses, etc. Chacun contribue à la construction du pays à sa façon. Ce que traduit très bien le slogan « À ma façon ».

Le Conseil de la souveraineté est un organisme souple : tout n'y est pas déterminé à l'avance et il y a place à l'initiative. Les couleurs qui débordent du contour en témoignent.

Enfin, un espace demeure à combler, tout en haut de la fleur de lys. C'est le travail qui reste, après tous les efforts déjà consentis, pour qu'advienne enfin le pays du Québec.

Ce logo est l'oeuvre du designer Jean Gladu.